Joko dilahirkan pada 3 Januari 1976 di sebuah kawasan kemiskinan di Medan, Sumatera Utara di mana beliau membesar dan menonton filem seram dan kung fu.[1] Beliau juga menulis dan mengarahkan sandiwara sebagai pelajar. Beliau menghadiri Institut Teknologi Bandung yang berprestij untuk mempelajari Kejuruteraan Aeroangkasa kerana keluarganya tidak mampu menghantarnya belajar ke sebuah sekolah filem. Selepas tamat belajar pada 1999, beliau menjadi wartawan The Jakarta Post dan kemudiannya sebagai pengkritik filem.